Paprastosios sprigės populiacijų genetinės įvairovės tyrimai ir jų analizė

Tikslui įgyvendinti iškeliami tokie uždaviniai:
• Rasti ir surinkti paprastosios sprigės populiacijas iš geografiškai skirtingų Lietuvos vietovių.
• Apibūdinti molekulinius metodus, naudojamus tiriant Impatiens gentį.
• Pritaikyti Impatiens genties kitų rūšių tyrimams naudojamus metodus paprastosios sprigės molekuliniams tyrimams.
• Aprašyti, paprastosios sprigės tyrimo metodų eigą.


Išvados

• Molekuliniai metodai, tokie kaip DNR barkodingas, atsitiktinai pagaustinta polimorfine DNR (APPD), amplifikuotų fragmentų ilgio polimorfizmas (AFLP), mikrosatelitai ir vieno nukleotido polimorfizmas (SNP) buvo neseniai pradėti naudoti augalų įvairovės studijoms, naudojami tiriant natūralių ir invazinių augalų sąveiką. Kiekvienas metodas turi savo privalumų ir trūkumų. Šie metodai skiriasi savo skirties geba (rezoliucija) aptikti genetinius skirtumus, generuojamų duomenų tipu ir pritaikomumu įvairiems taksonams.
• Lietuvoje atliekami tik invazinių rūšių tyrimai, o vietinių rūšių tyrimai atliekami neadekvačiai. Todėl atliekant paprastosios sprigės tyrimą naudosiu DNR skyrimo, APPD (atsitiktinai pagausinta polimorfinė DNR) ir mikrosatelitinių žymenų tyrimo metodus pritaikytus augalų genetiniuose tyrimuose ir taip pat tyrimams su sprigėm.
• APPD ir mikrosatelitinių žymenių tyrimų metodų eiga apima šiuos etapus: augalinės medžiagos rinkimas iš geografiškai skirtingų Lietuvos vietovių. Genominės DNR išskyrimas, kuris susideda iš trijų pagrindinių etapų – ląstelių sienelių tirpinimo, baltymų ir likusių priemaišų pašalinimo ir DNR iškirsdinimo. Išskirtos genominės DNR koncentracijos ir švarumo nustatymas, kuris nulemia PGR produktų elektroforezės kokybę. PGR produktų elektroforezė ir DNR elekroforezė poliakrilamidiniame gelyje.
• Paprastoji sprigė buvo surinkta iš geografiškai skirtingų Lietuvos vietovių (Anykščių šilelio, Nevėžio, Vaišvydavos, Upininkų, tarp Šventragio ir Ąžuolyno, Nemirsetos, Marvelės, Seredžiaus, Raudonvario, Prie Nemakščių, Grabuciškių). Iš viso surinkta 11 skirtingų populiacijų po 15 individų iš kiekvienos (viso 165 individų). Patikrinus kitų sprigių rūšių tyrimuose naudotus oligonukleotidinius pradmenis iš jų paprastajai sprigei tiko aštuoni skirtingi oligonukleotidiniai pradmenys: 222, 250, 269, 340, 474, OP - D20, 516, OP - A20, o netiko OP–B7, OP–Q11.